目前，该项目进入收尾阶段，119个子项目，已有85项结项，这些子项目将于2015年基本完成，专家已有把握实现做好整个项目的目标。

　　　酝酿十余年 

　　新疆，古称西域，地处祖国西北边陲、亚欧大陆的腹地，历史上曾经是中西陆路交通的主要通道，历来就是一个多民族聚居地区和多元文化、多种宗教并存的地区。自西汉政府设立西域都护府起，新疆就被划入了汉代的版图，成为统一的多民族国家不可分割的一部分。

　　然而，长期以来，古老的新疆大地却披上了一层神秘的面纱。随着我国改革开放的不断深入，特别是西部大开发、“一带一路”等战略的实施，人们渴望了解新疆，了解新疆的历史，了解生活在这块土地上的各族人民，以及他们创造的丰富多彩的文化。

　　此前，虽已有《新疆简史》等著作，但相对于历史悠久、文明璀璨、遗产丰厚的新疆，特别是相对于浩瀚、厚重的新疆历史，它们难免显得单薄，还存在各历史阶段不成比例、资料陈旧等问题。

　　《新疆通史》项目的源头，可以追溯到20世纪90年代初。当时，自治区考虑做一个新疆历史的丛书，以小册子的形式面向群众普及，使他们通过了解历史增强民族团结的自觉性。由于修订《新疆简史》，专家感到有必要进一步扩充材料、更新观点，从而撰写一部更为详细的新疆历史。怀着这样的想法，1999年《新疆史纲》获得立项时，他们的目的包括摸一摸新疆历史研究中到底存在哪些问题，也为将来写作新疆通史做一个尝试。在该书写作、出版过程中，他们心里逐渐有数，于是在2002年，向上级部门建议设立《新疆通史》项目。又经过专家论证、调研等，2005年初，经自治区党委批准，全国哲学社会科学规划办公室立项，决定编写多卷本的《新疆通史》，并成立《新疆通史》编撰委员会，时任新疆维吾尔自治区政协副主席吴敦夫任编委会主任，时任新疆生产建设兵团副政委王崇久、时任新疆社会科学院院长吴福环、时任新疆社会科学院副院长苗普生任副主任（专职），全国47位学者任编委会委员。

　　《新疆通史》项目，是国家社科基金重大委托项目，也是新疆文化建设的基础性工作，得到各级领导的重视与支持。自治区党委、政府高度重视，给以资金支持，全国哲学社会科学规划办公室给予高度支持，每年拨给经费。